一個概念上不同的方法就是納米孔測序，這種方法是讓單鏈DNA通過某種膜上的小孔，利用孔中變化的電流來讀取堿基序列信息。近期在基因組生物與技術大會（Genome Biology and Technology meeting）上，來自Oxford Nanopore的技術總監Clive Brown報道了他們完成的兩個病毒基因組序列，這些序列具有單復合堿基讀長（single multikilobase reads）的特點。生物通 www.ebiotrade.com
然而盡管如此，納米孔測序技術仍然未得到證明，除非這些結果能夠發表，未來會告訴我們這一技術能走多遠。

那么zui終限制磁測序技術發展的可能又有哪些呢？生物通 www.ebiotrade.com
同時進行監測的磁珠數目決定了密度可能與目前擴增的測序儀相同（比如HiSeq 2000每平方毫米約75萬次），這受限于磁珠的大小，連接DNA模板的長度，以及光學分辨率限制。
成像速度受限于磁珠的機械運動，而這又由拉動力決定。有可能速度能達到每秒至少十微米（等同于游動細菌的速度），也就是說一秒鐘能完成十個開閉循環。而實際上發夾結構熔合和退火動力學并不大可能受到限制，因此成像速度也許可以比每秒一張圖像更快。這似乎能滿足目前商業化“新一代”測序儀的要求，大大延長讀長。但是納米孔測序一旦成功，將難以匹敵——因為這種技術讀長能達到100kb，比目前的儀器通量更大。生物通 www.ebiotrade.com
然而即使這項成果提出了令人信服的證據，但這離實際操作，*測序方法還遠。相反這一技術更多的也許是提出了許多可能性，比如定位將有助于提升單核苷酸差異檢測。這也開啟了合成測序的可能性。
另外一方面，這種技術也有可能利用快速操控磁場，進行實時監控測序。這些前景都很誘人，因為它不需要重復循環的試劑，從而簡化了儀器設計。